Markus Yli-Jokipii työskentelee kuoronjohtajana, kapellimestarina ja pedagogina. Hän on toiminut vuodesta 2012 Tampereen ammattikorkeakoulun kuoronjohdon lehtorina. Yli-Jokipii on myös toinen TAMK Musiikin ja Tampereen konservatorion yhteisen Tampereen Musiikkiakatemian taiteellisista suunnittelijoista. Suomen kuoronjohtajayhdistys on valinnut Markus Yli-Jokipiin Vuoden kuoronjohtajaksi 2017.
Kuoronjohdon lehtorina Yli-Jokipii on perustanut syksyllä 2014 Pirkanmaan kuorokeskus -hankekokonaisuuden, joka kehittää alueen kuorokulttuuria monipuolisesti niin koulutuksen, kuoroalan ammattilaisten kuin laajan harrastuskentän osalta. Uusimpana avauksena on ammattilaiskuoro Tampere Cappellan perustaminen keväällä 2015.
Yli-Jokipiin taiteellinen ura on kehittynyt etenkin hänen itse perustamiensa kokoonpanojen kautta. Hän oli perustamassa Kuninkaantien muusikoiden barokkiorkesteria ja kamarikuoroa vuonna 2008, jonka kapellimestarina hän toimi vuoden 2015 loppuun saakka. Orkesterinjohtajana Yli-Jokipii on erikoistunut etenkin kuoro-orkesteriteosten esittämiseen.
Tällä hetkellä Yli-Jokipii on Tampere Cappellan lisäksi Kamarikuoro Näsin taiteellinen johtaja. Aiemmin hän on johtanut Turun konservatorion kamarikuoroa, Turun yliopiston kuoroa, perustamaansa Tritonuksen laulajat -kamarikuoroa sekä Turun Naislaulajia. Yli-Jokipii on myös vieraillut vuonna 2010 Helsingin kamarikuoron johtajana sen konserttimatkalla Japanissa sekä vuonna 2012 Laivaston soittokunnan kapellimestarina. Yli-Jokipii toimi perinteikkään Collegium Musicum Turku –orkesterin kapellimestarina 2004-2012. Hän perusti uudelleen tämän alun perin 1927 Turun yliopiston yhteydessä toimintansa aloittaneen orkesterin toiminnan katkettua 1990-luvulla.
Yli-Jokipii on luotettu uuden musiikin osaaja. Vuonna 2011 hän toimi Mikko Heiniön uutuusoopperan Eerik XIV -kuoromestarina. Yli-Jokipii on julkaissut kaksi levyä sekä johtanut useita YLE radio 1:n lähettämiä konsertteja. Hän on myös menestynyt kuorojensa kanssa kilpailuissa. Markus Yli-Jokipii valmistui musiikin maisteriksi Sibelius-akatemiasta vuonna 2009 ja suoritti kuoronjohdon A-tutkintonsa erinomaisin arvosanoin. Tämän lisäksi hän on suorittanut filosofian maisterin tutkinnon Turun yliopistosta pääaineenaan musiikkitiede. Markus Yli-Jokipii tunnetaan päämäärätietoisena taiteilijana – hänen tavassaan tehdä musiikkia on näkemystä, varmuutta ja sydäntä. Yli-Jokipii on saanut taiteellisesta toiminnastaan Turun kaupungin merkittävän Aboa-palkinnon vuonna 2009.